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WLA年度发布 | 冷冻电镜达到原子分辨率,为COVID-19疫苗成功接种打下基础

冬青子 世界顶尖科学家论坛
2024-09-05


  编者按:

今年二月,世界顶尖科学家协会(WLA)首次面向全球发布年度报告。这份主题为《希望之光,疫情下的科学突破》的报告,汇集15位诺贝尔奖得主在内的30位世界顶尖科学家,以引领学科发展的前瞻性视野,深度点评过去一年的科学突破,打造科学界风向标

WLA年度发布  图 | WLA上海中心
人类突破了冷冻电镜成像在分辨率上的限制,将分辨率提高到单个原子水平,超越了0.1纳米的极限——这在过去几乎是不可能实现的成就。利用冷冻电镜这一强大工具,成功观测到了COVID-19病毒刺突蛋白融合前的结构构象及作用状态,为疫苗的成功接种打下了基础。

技术突破:首次达到原子水平的分辨率

在结构生物学中,研究人员通常需要足够详细地观测大分子,才可能了解它们的三维结构如何赋予其相应功能。通常的观测方法有两种,要么将数百万个单个蛋白质分子排列成晶体,然后用X射线晶体学进行分析;要么快速冷冻蛋白质的副本,用电子进行轰击后记录电子偏移并利用精密软件“缝合”图像,以计算出蛋白质的组成和形状。前者观测虽然十分精密,但不能用于蛋白质特别大、在核糖体等复杂的环境中工作或不能结晶等情景;后者被称为冷冻电镜技术,原本是一种低分辨率的方法,可以对不需要结晶的冷冻蛋白进行测绘,而如今,冷冻电镜的分辨率首次被提高到了原子水,让科学家们能够精确定位各种蛋白质中单个原子的位置,其分辨率可与X射线晶体学相媲美。

冷冻电镜解析的谷氨酸脱氢酶结构分辨率逐渐提高  

图 | Nobelprize.org

两篇相关研究论文于2020年10月21日相继发布在Nature上:德国马克斯普朗克生物物理化学研究所的Ka Man Yip团队和英国医学研究委员会分子生物学实验室的Takanori Nakane团队,使用单粒子冷冻电子显微镜(cryo-EM),分别观察到了1.25 Å和1.22 Å的分辨率下的脱铁铁蛋白结构。这项研究超越了此前由日本大阪大学的Keiichi Namba课题组所保持的观测分辨率世界纪录1.54 Å


荣获1997年加拿大盖尔德纳国际奖的WLA会员理查德•海因斯(Richard Hynes)表示,Yip和Nakane两个团队通过硬件改良,突破了以往cryo-EM成像在分辨率上的限制,使cryo-EM的结构测定达到甚至超越0.1纳米的分辨率,从而首次确定了蛋白质中单个原子的位置,Nature 称之为“打开全新宇宙”。先进的cryo-EM方法与改进型的可预测蛋白质折叠的测序方法相结合,在基础研究层面将结构分析推向了一个全新的水平。

如今,几个月过去了,这项技术的应用,很快体现在了COVID-19疫苗的研发上。

技术应用:绘制刺突蛋白,助力新冠疫苗研

2017年诺贝尔化学奖的获得者、“冷冻电镜之父”、WLA会员约阿希姆•弗兰克(Joachim Frank)在这项技术突破的评论中提到,冷冻电镜解决了COVID-19病毒刺突蛋白融合前构象,这为针对COVID-19的两款疫苗Pfitzer和Moderna的研发铺平了道路。


COVID-19疫苗  图 | UGetty Images

据了解,这项疫苗的研发思路参考了当年类似的冠状病毒SARS和MERS,即利用mRNA编码病毒的刺突蛋白。当疫苗注入人体后,核糖体会复制该蛋白从而引起免疫反应,从而使人体能够有能力对抗可能入侵的真正病毒。而这个方法需要获得刺突蛋白的高分辨结构以及其攻击路线。杰森·麦克莱伦(Jason McLellan)的研究小组曾利用Scripps研究所内的cryo-EM,在SARS和MERS病毒中发现刺突蛋白存在两种结构构象——即开放(活跃、预融合)和封闭(不活跃),并且单点突变将稳定被病毒激活的免疫反应的活跃状态,这个发现为疫苗的成功接种做出了重要贡献。


麦克莱伦如今在德克萨斯大学奥斯汀分校,并与NIH的巴尼•格雷厄姆(Barney Graham)合作。2020年1月第一批COVID-19病例被报道后,麦克莱伦在从中国接收到病毒的基因序列后的两周内,便能通过cryo-EM将刺突蛋白可视化,并显示出对SARS和MERS有效的稳定活动性病毒的方法对COVID-19也有效


参考链接:
https://www.nature.com/articles/s41586-020-2833-4
https://www.nature.com/articles/s41586-020-2829-0
https://www.nature.com/articles/d41586-020-02924-y
https://www.sciencemag.org/news/2020/10/cryo-electron-microscopy-breaks-atomic-resolution-barrier-last



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